ยงยุทธได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรครั้งแรกใน พ.ศ. 2522 สังกัดพรรคสยามประชาธิปไตย และได้รับเลือกเรื่อยมา รวม 3 ครั้ง

ยงยุทธ ลงรับสมัครเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรแบบบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 66 สังกัดพรรคไทยรักไทย เมื่อ พ.ศ. 2544 แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง ต่อมานายสุธรรม แสงประทุม ลาออก ยงยุทธจึงได้รับเลื่อนขึ้นมาเป็นแทน

สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร

ยงยุทธ นพเกตุ ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมาแล้ว 4 สมัย คือ

1. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2522 จังหวัดระนอง สังกัดพรรคสยามประชาธิปไตย
2. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2526 จังหวัดระนอง สังกัดพรรคกิจสังคม
3. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2529 จังหวัดระนอง สังกัดพรรคประชาธิปัตย์
4. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 แบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคไทยรักไทย (เลื่อนแทน)